Realmente si que tienen en cuentan la orografía lo que sucede es que sacan una media de la altura por rejilla, siendo digamos que modelos (los globales) en 2 dimensiones con una rejilla a una cota, y una sucesión de capas a partir de esta hasta la tropopausa. En el caso de GFS la rejilla bajo de los 35 km anteriores a los 25 actuales en Julio lo que permite modelizar la altura algo mejor, pero aun lejos de los modelos mesoescalares que con reducidas rejillas vienen a tener un comportamiento en 3D que los hace mas precisos, aunque no por ello quedan libres de los errores de parametrizacion. A de entenderse que modelos como GFS ven cada rejilla como mar o como agua, lo que unido a la abrupta orografía isleña y al carácter oceánico de las islas hace que el resultado no sea del todo idóneo y de la sensación que no se toma en cuenta a la orografía.
Edito. GFS bajo de los 35 km a los 27 km por rejilla